Lobo ganó las elecciones del 29 de noviembre bajo el régimen de facto que encabeza Roberto Micheletti, triunfo que fue arrollador por el fuerte abstencionismo de los sectores que adhieren al Frente de Resistencia Contra el Golpe de Estado.
La campaña se realizó con el país sitiado por militares y policías, acusados de múltiples asesinatos y desapariciones.
Zelaya fue derrocado y expatriado a Costa Rica por los militares en una conspiración apoyada por la mayoría de los diputados del Congreso, los magistrados de la Corte Suprema de Justicia, los titulares del Ministerio Público y de la Procuraduría General, empresarios, la jerarquía de las iglesias católica y evangélicas, y miembros de organizaciones civiles.
Hace dos semanas, Micheletti pidió al Congreso que derogara el tratado de adhesión y sus legisladores afines procedieron a retirar al país del ALBA.
El presidente de Costa Rica, Oscar Arias, fracasó en su mediación para solucionar la crisis. Tampoco se cumplió el Acuerdo Tegucigalpa/San José, que Arias propició y firmaron los representantes de Zelaya y Micheletti el 30 de octubre, con mediación de Estados Unidos y la OEA.
Estados Unidos reconoció los comicios y en un intento para que Lobo no tenga dificultades para su reconocimiento internacional, exigió a Micheletti que dejara el poder el 15 de enero, pero éste no atendió la petición y se opuso a conceder un salvoconducto para que Zelaya pudiera viajar a México.
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